ادامه‌ي رهبري مبارزات از سال1345
در اوايل فروردين سال 1345 سه نفر از فعال‌ترين مدرسين يعني شيخ حسينعلي منتظري، شيخ عبدالرحيم رباني شيرازي و شيخ احمد آذري قمي بهوسيلهي عوامل ساواك دستگير و در زندان قزل‌قلعه زنداني شدند. قبل از آنها شيخ محمد منتظري يكي از فعال‌ترين طلاب جوان نيز بازداشت شد و در قزل‌قلعه زنداني شده بود. در همين ايام آقايان حيدري نهاوندي، حجتي كرماني، شيخ حسين نوري و چند نفر ديگر از قم و جمعي از تهران بازداشت و زنداني شدند. مبارزان بعد از اين حادثه با مشكلاتي تازه مواجه شدند: از يك طرف در اثر تبعيد امام به تركيه از رهبري‌هاي او محروم بودند، از سوي ديگر با زنداني‌شدن تعدادي از اعضاي فعال خود از رهبري‌ها و حمايتهاي مالي آنان نيز محروم گشتند، از ديگر جانب نگران وضع خطرناك زندانيان بودند، چون خبرهايي كه از داخل زندان به گوش ميرسيد، اين بود كه زندانيان پرونده‌ي سنگيني دارند كه احتمال محاكمه و اعدام آنها نيز وجود دارد. افراد ديگري از همين پرونده‌ي مشترك نيز از ترس بازداشت در شهرها و روستاها مخفي بودند كه نگارنده نيز يكي از آنها بود. در اثر اين اوضاع، وضع وحشتناكي بر حوزه‌ي علميه‌ي قم حاكم بود.
طلاب و مدرسين مبارز تقريباً بي‌پناه بودند. مراجع و مديران حوزه به درس و بحث حوزوي و تأسيس و اداره‌ي برخي از مدارس علمي يا مراكز تبليغاتي يا خدمات اجتماعي اشتغال داشتند و ادامه‌ي مبارزات را به صلاحِ حوزه نميدانستند. بدين‌جهت مدرسين و طلاب مبارز جايگاهي در بيوت مراجع نداشتند و در چنين وضعي بعضي مدرسين به بهانه‌ي اداره‌ي مدارس حوزوي از شركت علني در مبارزات كنار كشيدند. تعدادي از آنها نيز در اثر يأس همانند ساير مدرسين به درس و بحث حوزوي و انجام برخي كارهاي فرهنگي مشغول گشتند و از انجام كارهاي مبارزاتي امتناع ميورزيدند، بعضي آنها به‌منظور انجام وظايف تبليغي به تهران يا شهرستان‌هاي ديگر هجرت كردند.
گفتني است كه عوامل رژيم چنين ميپنداشتند با زنداني‌كردن جمعي از سران مبارزان در قم و تهران و ساير شهرستان‌ها و شكنجه و تهديد آنها ميتوانند مبارزات را مهار كنند. غافل از اينكه جهاد و مبارزه از مردم ديندار ايران و احساس وظيفه‌ي آنها نشأت مي‌گيرد و قابل كنترل نيست. شدتِ عمل و سركوب جمعي از مجاهدين نه‌تنها در روحيه‌ي ساير مدرسين و طلاب جوان تأثير بازدارنده نداشت، بلكه بر بغض و كينه‌ي آنها نسبت به رژيم افزود، آنها را در اعتراض و ادامه‌ي مبارزات قاطعتر و جريتر ساخت و سوژه‌ي جديدي را در اختيارشان قرار داد. به‌عنوان دفاع از زندانيان و تقاضاي آزادي آنها به منزل مراجع ميرفتند، اعلاميه پخش مي‌كردند، در درس‌ها و منبرها از زنداني‌بودن جمعي از اساتيد اظهار تأسف مينمودند، در مناسبتهاي مختلف مانند سالگرد حادثه‌ي خونين پانزدهم خرداد و تبعيد امام و حادثه‌ي تخريب مدرسه‌ي فيضيه و ضرب و قتل طلاب اعلاميه ميدادند و سخنراني مي‌كردند، و بدينوسيله تنور مبارزه را همچنان گرم نگهميداشتند. اين حركات اعتراضي و ايذايي بهوسيلهي فرد يا افراد خاصي رهبري و هدايت نميشد، بلكه به‌طور خودجوش و بدون تشكل مخصوص توسط جمعي از اساتيد و مدرسينِ مؤمن به انقلاب و طلاب جوان انقلابي انجام مي‌گرفت. هزينههاي لازم نيز بهوسيلهي دفتر امام يا بازاريان مؤمن به انقلاب تأمين ميشد.
اعمال سركوبگرانه‌ي رژيم نه‌تنها در روحيه‌ي مدرسين و طلاب انقلابي، بلكه در روحيه‌ي خود زندانيان نيز تأثير چندان نداشت. آنها گرچه در سلولهاي انفرادي و زندانهاي عمومي از همه‌ي امكانات محروم بودند ولي در همان‌جا هم به‌مقدار توان سعي مي‌كردند اعتراض خود را به خارج زندان صادر كنند، چنان‌كه نامه‌ي مفصل اعتراضآميز آقاي منتظري و رباني شيرازي به طور مرموزي به خارج از زندان منتقل و تكثير شد و به‌دست مراجع تقليد ايران و نجف رسيد و پيرو آن براي آزادي زندانيان و از جمله آقاي منتظري و رباني اقداماتي به‌عمل آمد و در نتيجه آزاد شدند. مدت حبس آقاي منتظري و رباني و آذري قمي در حدود هفت ماه بود ولي ديگر زندانيان زودتر آزاد شدند.