نياز به پژوهش رفع نشد
با تصويب قانون اساسي اركان نظام اسلامي روشن و تثبيت شد، از مخالفتها و توطئه هاي داخلي و خارجي تا حدي مصونيت يافت و بدين‌وسيله رهبر انقلاب و مردم انقلابي ايران نسبتاً آرامش يافتند. گرچه اين عمل در آن زمان بسيار خوب و لازم بود ولي نظام اسلامي را از يك پژوهش گسترده و دقيق حوزوي و دانشگاهي به‌طور كامل بي‌نياز نكرد. زيرا باتوجه به اينكه يك نظام صددرصد اسلامي در تاريخ وجود نداشته تا قوانين مدوني داشته باشد و بتوانيم از آن استفاده كنيم، تدوين قانون اساسي براي چنين نظام جديدي، آن هم در شرايط كنوني جهان، نياز به اطلاعاتِ وسيع‌تر و فرصت بيشتري داشت كه انجام آن در مدتي در حدود سه ماه قانع‌كننده نبود. گرچه در حدود چهل هزار پيشنهاد كوتاه يا مفصل از سوي صاحب‌نظران رسيده و در اختيار نمايندگان بود، ولي زمان آن‌قدر كوتاه بود كه فرصتِ خواندن همه‌ي آنها را نداشتند. به علاوه تدوين چنين قانوني نياز به اطلاعات كارشناسي در حوزه‌ي علوم سياسي، فقه سياسي و مديريت، اقتصاد، فرهنگ آن هم از ديدگاه اسلام داشت كه در آن زمان كوتاه امكان نداشت.
از سوي ديگر گرچه پنجاه نفر از نمايندگان از علماي حوزوي و تعدادي فقيه و مجتهد در ميان آنان بود، ولي مطالعات فقهي آنان براي انجام چنين امر مهمي كافي نبود، زيرا مطالعات آنان زماني انجام گرفته بود كه حكومت اسلامي وجود نداشت، و فقاهت و استنباط احكام از توجه به وجود حكومت و ضرورت اداره‌ي جامعه‌ي اسلامي و تأمين نيازهاي گوناگون و حل مشكلاتشان آزاد بود. از اين نكته‌ي مهم غفلت داشت كه اسلام مدعي است كه توان اداره جامعه را دارد و فقه اسلامي بايد در مرحله‌ي عمل پاسخگوي تأمين همه‌ي نيازها باشد. بنابراين بسياري از مسائل فقهي نياز به تجديدنظر داشت كه در آن زمان‌ِ كوتاه امكان نداشت.
بنابراين تصويب قانون اساسي در آن زمان گرچه يك اقدام بسيار مهم و سرنوشت‌ساز بود و بايد از تدوين‌كنندگان تشكر كرد، ولي ضرورت يك پژوهش گسترده، با همكاري اساتيد حوزه و كارشناسان متعهد دانشگاهي در مسائل مختلف حكومتي همچنان در جاي خود باقي بود. اگر چنين تحقيقات عميق و همهجانبهاي به‌وسيله‌ي كارشناسان انجام گرفته و با بيان روشن و قاطع اعلام شده و مورد تأييد اكثريت فقها قرار گرفته بود، قطعاً اختلافِ برداشتها و سليقه ها و كشمكشها و جناحبنديها و اختلافات ميان مجلس و شوراي نگهبان و ساير مسئولان نظام كمتر بود. متأسفانه حوزه‌ي علميه و حتي جامعه‌ي مدرسين در انجامِ اين امرِ حياتي غفلت و كوتاهي كردند و نظام در مرحله‌ي عمل با مشكلاتي مواجه شد. در مواردي از اختلاف‌نظر بين مجلس و شوراي نگهبان كه به‌صورت يك معضل درميآمد، امام شخصاً دخالت مي‌كرد و آن را حل و فصل مينمود. گاهي از شوراي نگهبان حمايت مي‌كرد، گاهي از مجلس و گاهي در موارد اختلاف به رعايت رأي دوسوم مجلس توصيه مي‌كرد. در بعضي موارد دستور ميداد به هنگام بحث، اعضاي شوراي نگهبان در مجلس حضور داشته باشند تا مذاكرات را بشنوند و اختلافات كمتر شود. بعداً ناچار شد چند نفر را به‌عنوان اعضاي تشخيص مصلحت نظام معرفي كند تا در موارد اختلاف بين مجلس و شوراي نگهبان آنچه را به مصلحت نظام ميدانند تصويب كنند. گاهي اختلاف‌نظرها به جايي ميرسيد كه در محدوده‌ي اختيارات مجمع تشخيص مصلحت نيز تشكيك ميشد و امام ناچار بود دخالت كند. همواره به فقهاي شوراي نگهبان توصيه مي‌كرد: درصورتي‌كه مصوبه‌ي مجلس بر طبق مصالح نظام است آن را بپذيريد و كاري نكنيد كه اسلام متهم شود كه توان اداره‌ي جامعه را ندارد و ناقص است.