آزادي امام و بازداشت مجدد
در اثر مهاجرت جمعي از علما و مراجع قم و شهرستانها به تهران و اقداماتي كه به عمل آمد و فشار افكار عمومي، عوامل رژيم ناچار شدند امام را آزاد سازند، ولي اين عمل را در دو مرحله انجام دادند: مرحله‌ي اول، انتقال او از زندان به منزلي در قيطريه‌ي تهران و تحت نظر داشتن او بود. در اين زمان فقط با نظارت به افراد محدودي اجازه‌ي ملاقاتِ ميدادند. اين مرحله در حدود دو ماه به طول انجاميد. مرحله‌ي دوم آزادي كامل و انتقال به قم بود. سرانجام در تاريخ 18 فروردين 43 مأموران رژيم بدون اطلاع قبلي امام را از تهران به قم منتقل و در منزل خودش پياده كردند. هيچكس از اين موضوع خبر نداشت و احتمال آن را نميداد. اوايل شب بود كه من از آزادي ايشان خبردار شدم و با سرعت به‌سوي منزل امام حركت كردم و ذوق‌زده خدمت ايشان رسيدم.
تعداد محدودي از ارادتمندان خدمت ايشان بودند، ولي طولي نكشيد كه گروهي از ارادتمندان كه خبردار شده بودند، در بيروني و اطراف آن حضور يافتند و از شدت شوق مي‌گريستند و شعار ميدادند. منظره‌ي عجيبي بود و تا پاسي از شب ادامه داشت، در روزهاي بعد فضلا و علماي قم و ساير شهرستانها به‌ويژه تهران براي ديدار امام روانه‌ي قم و بيت امام شدند.
مأموران رژيم هم در اين رابطه مزاحمتي نمي‌كردند، بلكه براي جلب رضايت مردم كوچه ي بيت امام را آسفالت و با نصب لامپهاي پرنور منور ساختند. عمال رژيم چنين تصور مي‌كردند كه امام در طول مدت زنداني و بازداشت عبرت گرفته و به درس و بحث حوزوي خود مشغول خواهد شد، شايد اكثر علما و طلاب نيز همين انتظار را داشتند.
رژيم قصد داشت با آزاد كردن امام از علما و مراجع دلجويي كند؛ به گونهاي كه گذشتهها را فراموش كنند و به‌تدريج روابط دوستانه شود. او در رسانه ها چنين وانمود مي‌كرد كه با آزادي امام روابط دوستانه شده و روحانيت ديگر حرفي ندارد. غافل از اينكه اعتراض و مخالفت‌هاي امام از روي ايمان و احساس وظيفه بوده و زندان‌ها و تبعيدها نمي‌تواند او را از انجام وظيفه باز دارد.
امام برعكس سعي داشت تا پيروزي كامل، روابط را تيره و تار نشان دهد و مردم را براي ادامه‌ي مبارزات همچنان آماده نگه دارد و به همين جهت در مواقع مناسب، در جلسات درس و صحبتهاي خصوصي و ملاقات‌هاي عمومي مطالب لازم را بيان مي‌كرد. از جمله در يكي از ملاقات‌هايش با جمعي از خانواده هاي شهداي پانزده خرداد سخنراني تندي نمود، از شهادت مردم اظهار تأسف كرد و از عاملان آن حادثه‌ي خونين شديداً انتقاد نمود. وضع به همين گونه ادامه يافت و امام در انتظار فرصت مناسبي بود تا تنور مبارزات را داغتر كند تا اينكه در تاريخ 21 مهر 1343 حادثه‌ي تلخ و ننگيني رخ داد و امام را در انجام وظيفه‌ي دشوار وادار ساخت. آن حادثه‌ي ننگين عبارت بود از: تصويب قانون كاپيتولاسيون. در آن تصويب‌نامه‌ي استعماري به مستشاران آمريكايي و به همه‌ي اتباع آمريكا در برابر ارتكاب هر جرم و جنايتي مصونيت كامل داده ميشد و مأموران امنيتي و مراجع قضايي حق تعقيب آنها را نداشتند. در چنين موقعيت حساسي امام سخت برآشفت و اعلام كرد: «در اين رابطه وظيفه ام را انجام خواهم داد».
عوامل رژيم كه از تصميم امام آگاه شدند، يكي از شخصيتهاي موجه سياسي را به منظور انصراف امام به قم فرستادند، و چون امام او را نپذيرفت با فرزندش آقا مصطفي ملاقات كرد و پيام رژيم را عرضه داشت. از سوي ديگر وقتي مردم تهران و قم از قصد سخنراني امام اطلاع يافتند به سوي قم روانه شدند. امام از اين قبيل تهديدات نميهراسيد و سرانجام در روز ميلاد فاطمه‌ي زهرا (سلام الله عليها) و با حضور انبوهي از مردم ديندار و مبارز سخنراني آتشين و كوبنده‌ي خود را ايراد كرد و خيانت‌هاي عوامل رژيم و آمريكا را برملا ساخت. پيرو همين نطق آتشين در تاريخ 13 آبان 1343 كماندوهاي رژيم شبانه به منزل امام حمله كردند، او را دستگير و به تهران منتقل نمودند و با هواپيما به تركيه تبعيد كردند و چندي بعد به نجف اشرف انتقال دادند.