نامه‌ی امام به یکی از مراجع
این اختلاف‌نظرها در مورد احکام اسلام اختصاصی به اختلاف‌نظر بین مجلس و شورای نگهبان نداشت، بلکه گاهی در میان بعضی فضلا و اساتید و حتی فقهای بزرگ نسبت به بعضی مصوبات مجلس نیز به‌وجود میآمد که امام ناچار میشد دخالت کند. یکی از این موارد نگرانی فقیه عظیم‌الشأن آیت‌الله العظمی گلپایگانی است که طی نامهای نگرانی خود را به امام خمینی نوشت و امام در پاسخ آن چنین نوشت:
«حضرت آیت‌الله آقای گلپایگانی دامت برکاته
پس از تبریک عید مبارک غدیر به عرض عالی میرساند: تلگراف محترم مبنی بر نگرانی جنابعالی در اختیاراتی که به مجلس داده شده است، واصل، اختیارات مذکور تشخیص موضوع است که در عرف و شرع به عهده‌ی عرف است و مجلس نماینده‌ی عرف، و نمایندگان خود از عرف هستند و اگر در حکم عرف خلافی شد نظارت بر آنها هست و شورای نگهبان در این امری که برعهده‌ی آنها است حق دخالت دارند. اگر در حکم ثانوی یا اولی خطایی صادر شود، لکن شورای نگهبان حق تشخیص موضوعات به حسب قانون ندارند. در عین حال من آقایان‌ِ دست اندرکاران را خواستم که به آنان اخطار نمایم که اگر خلاف قواعد شرع عمل کنند یا برخلاف حکم ثانوی تعدی کنند، من ساکت نمینشینم و علمای اعلام بلاد، هم عهده‌دار نظارت در امور میباشند. لکن باید نکته هایی را عرض کنم که جنابعالی یک طرف صفحه را ملاحظه میفرمایید، طرف دیگر اگر وضع به همان منوال خان‌خانی و بورس‌بازی و زمین‌خواری بماند که یک طبقه اشراف بدون رسیدگی به وضعشان، که غالباً برخلاف موازین شرعیه است، در اروپا به عیش و عشرت مشغول و یک طبقه‌ی عظیم فقرا برای آنان ـ بر خلاف موازین ـ کار کنند و با فقر و فاقه زندگی کنند، برای حکومت اسلام و اسلام و قانون اساسی باید فاتحه خواند. اموری که در حفظ نظام اسلامی دخیل است یا ضرورت دارد، که ترک یا فصل آن فسادانگیز است نمیشود به خواستِ عدهای طرفدار زمین‌خواران به همان منوال بماند. جنابعالی مطمئن باشید که خطر در این طرف بسیار است و در آن طرف خطری نیست بلکه به حکم ثانوی شرع محدودیت‌هایی صورت می‌گیرد که با ترک آن خطرهای عظیمی در کار است و جنابعالی مطمئن باشید که نه مجلسیان به حسب نوع و نه دولت متمایل به چپ است و نه اعمالی که میشود چپی است. و من امیدوارم که با نظارت علمای اعلام بلاد چیزی که بر خلاف احکام شرع باشد، چه احکام اولیه پس از موارد مذکور و چه احکام ثانویه، خطری پیش نیاید، اخیراً عرض می‌کنم من میل ندارم تهمتی که سال‌هاست به روحانیت میزنند و میزدند که اینان طرفدار زمین‌خواران و سرمایه داران بزرگ هستند و با طرفداری خود موجب ظلم به مردم مستمند میشوند، شاهد پیدا کند و به ما بچسبانند. والسلام علیکم ـ روح‌الله الموسوی الخمینی».[1]
امام خمینی یک فقیه بزرگ و به منابع فقه و شیوه‌ی استنباط احکام کاملاً مقید بود ولی با دو گونه تفکر و دوگونه شخصیت، آنگاه که در حوزه‌ی علمیه‌ی قم به تدریس فقه و تألیف کتاب فقهی و نوشتن رساله‌ی عملیه اشتغال داشت، همانند سایر فقها می‌گفت و مینوشت، ولی هنگامی که در مقام رهبری و اداره‌ی کشور اسلامی قرار گرفت، در برخی مسائل مربوط به اداره‌ی کشور آراء جدیدی را اظهار می‌کرد که احیاناً با آرای سایر فقها و آرای سابق خودش تفاوت داشت. او ایمان داشت و بارها می‌فرمود: اسلام حکومت دارد و مدعی است با اجرای احکام اسلامی می‌توان کشور را به بهترین وجه اداره کرد و مشکلات گوناگون جامعه را برطرف ساخت.
این مدعا در مرحله‌ی عمل باید به اثبات برسد و پاسخگوی انواع نیازهای اجتماعی، اقتصادی، حقوقی و فرهنگی جامعه‌ی اسلامی باشد. به همین جهت گاهی که مسئولان نظام با مشکلی برخورد می‌کردند که از طریق عادی قابل حل نبود و به‌صورت معضل درمیآمد، به امام مراجعه می‌کردند و ایشان خود را ملزم میدید راه حلی پیدا کند. به‌صورت حکم ثانوی، یا ضرورت یا تشخیص مصلحت، یا حکم ولایی، در چنین مواردی گاهی فتوایی صادر می‌کرد که با فتوای سایر فقها و حتی با فتوای سابق خودش مخالف بود. امام از علما و فقهای مسئول نظام نیز انتظار داشت و بارها توصیه می‌کرد با مسائل مورد ابتلای نظام این‌گونه برخورد نمایند، تا اسلام متهم به عدم کارآیی نشود. متأسفانه این‌گونه مسائل برای بعضی علما که خود را طرفدار فقه سنتی میدانستند نه‌تنها قابل هضم نبود و حمایت نمی‌کردند، بلکه زبان به اعتراض می‌گشودند و شعار عمل به رساله‌ی عملیه را مطرح میساختند.
تحمل احکام ثانوی برای این افراد دشوار بود، و سعی می‌کردند دایره‌ی آنها را محدودتر و زمان آنها را کوتاهتر کنند. تأسیس نهاد تشخیص مصلحت نظام را مخالف فقه سنتی و اسلامی بودن نظام دانسته بر آن خرده می‌گرفتند.
[1] . صحیفه‌ی امام، ج15، ص311