آزادی امام و بازداشت مجدد
در اثر مهاجرت جمعی از علما و مراجع قم و شهرستانها به تهران و اقداماتی که به عمل آمد و فشار افکار عمومی، عوامل رژیم ناچار شدند امام را آزاد سازند، ولی این عمل را در دو مرحله انجام دادند: مرحله‌ی اول، انتقال او از زندان به منزلی در قیطریه‌ی تهران و تحت نظر داشتن او بود. در این زمان فقط با نظارت به افراد محدودی اجازه‌ی ملاقاتِ میدادند. این مرحله در حدود دو ماه به طول انجامید. مرحله‌ی دوم آزادی کامل و انتقال به قم بود. سرانجام در تاریخ 18 فروردین 43 مأموران رژیم بدون اطلاع قبلی امام را از تهران به قم منتقل و در منزل خودش پیاده کردند. هیچکس از این موضوع خبر نداشت و احتمال آن را نمیداد. اوایل شب بود که من از آزادی ایشان خبردار شدم و با سرعت به‌سوی منزل امام حرکت کردم و ذوق‌زده خدمت ایشان رسیدم.
تعداد محدودی از ارادتمندان خدمت ایشان بودند، ولی طولی نکشید که گروهی از ارادتمندان که خبردار شده بودند، در بیرونی و اطراف آن حضور یافتند و از شدت شوق می‌گریستند و شعار میدادند. منظره‌ی عجیبی بود و تا پاسی از شب ادامه داشت، در روزهای بعد فضلا و علمای قم و سایر شهرستانها به‌ویژه تهران برای دیدار امام روانه‌ی قم و بیت امام شدند.
مأموران رژیم هم در این رابطه مزاحمتی نمی‌کردند، بلکه برای جلب رضایت مردم کوچه ی بیت امام را آسفالت و با نصب لامپهای پرنور منور ساختند. عمال رژیم چنین تصور می‌کردند که امام در طول مدت زندانی و بازداشت عبرت گرفته و به درس و بحث حوزوی خود مشغول خواهد شد، شاید اکثر علما و طلاب نیز همین انتظار را داشتند.
رژیم قصد داشت با آزاد کردن امام از علما و مراجع دلجویی کند؛ به گونهای که گذشتهها را فراموش کنند و به‌تدریج روابط دوستانه شود. او در رسانه ها چنین وانمود می‌کرد که با آزادی امام روابط دوستانه شده و روحانیت دیگر حرفی ندارد. غافل از اینکه اعتراض و مخالفت‌های امام از روی ایمان و احساس وظیفه بوده و زندان‌ها و تبعیدها نمی‌تواند او را از انجام وظیفه باز دارد.
امام برعکس سعی داشت تا پیروزی کامل، روابط را تیره و تار نشان دهد و مردم را برای ادامه‌ی مبارزات همچنان آماده نگه دارد و به همین جهت در مواقع مناسب، در جلسات درس و صحبتهای خصوصی و ملاقات‌های عمومی مطالب لازم را بیان می‌کرد. از جمله در یکی از ملاقات‌هایش با جمعی از خانواده های شهدای پانزده خرداد سخنرانی تندی نمود، از شهادت مردم اظهار تأسف کرد و از عاملان آن حادثه‌ی خونین شدیداً انتقاد نمود. وضع به همین گونه ادامه یافت و امام در انتظار فرصت مناسبی بود تا تنور مبارزات را داغتر کند تا اینکه در تاریخ 21 مهر 1343 حادثه‌ی تلخ و ننگینی رخ داد و امام را در انجام وظیفه‌ی دشوار وادار ساخت. آن حادثه‌ی ننگین عبارت بود از: تصویب قانون کاپیتولاسیون. در آن تصویب‌نامه‌ی استعماری به مستشاران آمریکایی و به همه‌ی اتباع آمریکا در برابر ارتکاب هر جرم و جنایتی مصونیت کامل داده میشد و مأموران امنیتی و مراجع قضایی حق تعقیب آنها را نداشتند. در چنین موقعیت حساسی امام سخت برآشفت و اعلام کرد: «در این رابطه وظیفه ام را انجام خواهم داد».
عوامل رژیم که از تصمیم امام آگاه شدند، یکی از شخصیتهای موجه سیاسی را به منظور انصراف امام به قم فرستادند، و چون امام او را نپذیرفت با فرزندش آقا مصطفی ملاقات کرد و پیام رژیم را عرضه داشت. از سوی دیگر وقتی مردم تهران و قم از قصد سخنرانی امام اطلاع یافتند به سوی قم روانه شدند. امام از این قبیل تهدیدات نمیهراسید و سرانجام در روز میلاد فاطمه‌ی زهرا (سلام الله علیها) و با حضور انبوهی از مردم دیندار و مبارز سخنرانی آتشین و کوبنده‌ی خود را ایراد کرد و خیانت‌های عوامل رژیم و آمریکا را برملا ساخت. پیرو همین نطق آتشین در تاریخ 13 آبان 1343 کماندوهای رژیم شبانه به منزل امام حمله کردند، او را دستگیر و به تهران منتقل نمودند و با هواپیما به ترکیه تبعید کردند و چندی بعد به نجف اشرف انتقال دادند.