بیمارى زهرا در حدود چهل روز طول کشید ولى روز بروز حالش سخت تر مى شد و کسالتش شدت مى یافت. یک روز به على بن ابى طالب علیه السلام گفت: پسر عموى مهربان، آثار و علائم مرگ را در خودم مشاهده مى نمایم. گمان مى کنم عنقریب به پدرم ملحق گردم، مى خواهم وصیت کنم. على (علیه السلام) در کنار بستر فاطمه نشست و اطاق را خلوت کردند: فرمود: اى دختر پیغمبر به هر چه دلت مى خواهد وصیت کن و یقین داشته باش که به وصیت تو عمل خواهم کرد. انجام وصایاى تو را بر کارهاى شخصى خودم مقدم مى دارم. على (علیه السلام) به چهره ى پژمرده و چشم هاى فرورفته ى هسمرش نگاه مى کرد و اشک مى ریخت. فاطمه (علیهاالسلام) برگشت و با دیده هاى فرورفته اش نگاهى به صورت غمناک و پژمرده ى شوهر مهربانش نمود و گفت: پسر عمو! تاکنون در خانه ات دروغ نگفته ام، مرتکب خیانت نشده ام و هیچگاه از اوامر و دستوراتت تخلف نکردم.
على (علیه السلام) فرمود: مقام خداشناسى و پرهیزکارى تو به قدرى عالى است که احتمال خلاف درباره ات نمى رود. به خدا سوگند مفارقت و جدایى تو بر من گران است. اما چکنم که مرگ را چاره اى نیست. به خدا قسم مصیبات مرا تازه کردى، مرگ نابهنگام تو حادثه ى دردناکى است، انا للَّه و انا الیه راجعون. چه مصیبت ناگوار و دردناکى است؟! به خدا سوگند این مصیبت جانسوز را هرگز فراموش نمى کنم و چیزى نمى تواند تسلى بخش من باشد. آنگاه ساعتى را با هم گریستند. [بحارالانوار ج 43 ص 191.] حضرت زهرا در این مذاکره ى کوتاه برنامه ى دوران زندگى زناشویى خویش را در چند جمله مختصر خلاصه کرد: مقام صداقت و پاکدامنى و اطاعت از شوهر را بیاد همسرش آورد. على بن ابى طالب (علیه السلام) نیز از زحمات و موقعیت علمى و پرهیزکارى و صداقت و درستى همسر عزیزش تقدیر کرد. مهر و علاقه ى بى پایانش را نسبت به او ابراز داشت. در اینجا بود که احساسات و عواطف آن دو یار مهربان دو همسر نمونه ى اسلام چنان تحریک شد که نتوانستند از گریه خوددارى کنند. ساعتى را با هم گریستند و به یاد دوران کوتاه زندگى زناشویى که جهانى از صفا و مهر و علاقه و صداقت و درستى و پاکدامنى و فداکارى بود اشک ریختند. و به یاد زحمات طاقت فرسا و فداکارى ها و گرفتارى ها همدیگر ناله کردند. شاید بوسیله ى اشکهاى چشم، آتش درونى خود را که نزدیک بود کالبدشان را محترق سازد خاموش کنند.
بعد از آن که گریه شان آرام تر شد على بن ابى طالب علیه السلام سر همسر عزیزش را در دامن گرفت، فرمود: اى دختر پیغمبر! هر چه میل دارى وصیت کن و مطمئن باش که از وصایاى تو تخلف نخواهم کرد. فاطمه به موضوعات زیر وصیت نمود:
1- اى پسر عمو! مردها بدون زن نمى توانند زندگى کنند، شما نیز ناچارید زن بگیرید. خواهشمندم بعد از من، با امامه دختر خواهرم ازدواج کن، زیرا نسبت به اطفال من مهربان است. [مناقب ابن شهر آشوب ج 3 ص 362.] 2- فرزندانم یتیم مى شوند با آنان مدارا کن، بر سرشان فریاد مزن، براى دلجویى آنان یک شب نزد آنها بمان و یک شب نزد همسرت. [بحارالانوار ج 43 ص 178.] 3- براى من تابوتى تهیه کن که در موقع حمل جنازه، بدنم پیدا نباشد. و طرز ساختمانش چنین و چنان باشد. [بحارالانوار ج 43 ص 192.] 4- مرا شبانه غسل بده و کفن کن و به خاک بسپار، اجازه نده اشخاصى که حقم را غصب کردند و اذیت و آزارم نمودند بر من نماز بخوانند یا به تشییع جنازه ام حاضر شوند. [بحارالانوار ج 43 ص 192.] 5- به هر یک از زنان رسول خدا دوازده وقیه بده.
6- به هر یک از زنان بنى هاشم دوازده وقیه بده.
7- به امامه دختر خواهرم نیز چیزى بده. [دلائل الامامة ص 42.] بعد از وفات فاطمه، وصیتنامه ى مکتوب زیر نیز بدست آمد:
8- بوستان ذى الحسنى، و بوستان ساقیه، و بوستان دلال، و بوستان غراف، و بوستان رقمه، و بوستان هیثم، و بوستان ام ابراهیم هفت بوستان مذکور بعد از من در اختیار على بن ابى طالب باشد. بعد از او در اختیار فرزندم حسن، بعد از حسن در اختیار حسین باشد. بعد از حسین در اختیار فرزند ارشد حسین باشد.
نویسنده: على. شاهد: مقداد، زبیر. [دلائل الامامة ص 42.] ابن عباس نیز روایت کرده که وصیتنامه ى کتبى زیر، از حضرت زهرا بدست آمد:
بسم اللَّه الرحمن الرحیم. این وصیتنامه ى فاطمه دختر رسول خداست. به یگانگى خدا شهادت مى دهم. شهادت مى دهم که محمد (صلّى اللَّه علیه و آله و سلّم) رسول خداست. بهشت و دوزخ حق است. و در وجود قیامت شک نیست. و خدا مردگان را مبعوث مى کنم. یا على خدا مرا همسر تو قرار داد تا در دنیا و آخرت با هم باشیم. و اختیارم در دست تو است. یا على در شب مرا غسل بده و کفن کن و حنوط کن و به خاک بسپار. و به احدى اطلاع نده. اکنون با شما وداع مى کنم. سلام مرا به فرزندانم که تا قیامت بوجود مى آیند برسان. [بحارالانوار ج 43 ص 214.]