نیاز به پژوهش رفع نشد
با تصویب قانون اساسی ارکان نظام اسلامی روشن و تثبیت شد، از مخالفتها و توطئه های داخلی و خارجی تا حدی مصونیت یافت و بدین‌وسیله رهبر انقلاب و مردم انقلابی ایران نسبتاً آرامش یافتند. گرچه این عمل در آن زمان بسیار خوب و لازم بود ولی نظام اسلامی را از یک پژوهش گسترده و دقیق حوزوی و دانشگاهی به‌طور کامل بی‌نیاز نکرد. زیرا باتوجه به اینکه یک نظام صددرصد اسلامی در تاریخ وجود نداشته تا قوانین مدونی داشته باشد و بتوانیم از آن استفاده کنیم، تدوین قانون اساسی برای چنین نظام جدیدی، آن هم در شرایط کنونی جهان، نیاز به اطلاعاتِ وسیع‌تر و فرصت بیشتری داشت که انجام آن در مدتی در حدود سه ماه قانع‌کننده نبود. گرچه در حدود چهل هزار پیشنهاد کوتاه یا مفصل از سوی صاحب‌نظران رسیده و در اختیار نمایندگان بود، ولی زمان آن‌قدر کوتاه بود که فرصتِ خواندن همه‌ی آنها را نداشتند. به علاوه تدوین چنین قانونی نیاز به اطلاعات کارشناسی در حوزه‌ی علوم سیاسی، فقه سیاسی و مدیریت، اقتصاد، فرهنگ آن هم از دیدگاه اسلام داشت که در آن زمان کوتاه امکان نداشت.
از سوی دیگر گرچه پنجاه نفر از نمایندگان از علمای حوزوی و تعدادی فقیه و مجتهد در میان آنان بود، ولی مطالعات فقهی آنان برای انجام چنین امر مهمی کافی نبود، زیرا مطالعات آنان زمانی انجام گرفته بود که حکومت اسلامی وجود نداشت، و فقاهت و استنباط احکام از توجه به وجود حکومت و ضرورت اداره‌ی جامعه‌ی اسلامی و تأمین نیازهای گوناگون و حل مشکلاتشان آزاد بود. از این نکته‌ی مهم غفلت داشت که اسلام مدعی است که توان اداره جامعه را دارد و فقه اسلامی باید در مرحله‌ی عمل پاسخگوی تأمین همه‌ی نیازها باشد. بنابراین بسیاری از مسائل فقهی نیاز به تجدیدنظر داشت که در آن زمان‌ِ کوتاه امکان نداشت.
بنابراین تصویب قانون اساسی در آن زمان گرچه یک اقدام بسیار مهم و سرنوشت‌ساز بود و باید از تدوین‌کنندگان تشکر کرد، ولی ضرورت یک پژوهش گسترده، با همکاری اساتید حوزه و کارشناسان متعهد دانشگاهی در مسائل مختلف حکومتی همچنان در جای خود باقی بود. اگر چنین تحقیقات عمیق و همهجانبهای به‌وسیله‌ی کارشناسان انجام گرفته و با بیان روشن و قاطع اعلام شده و مورد تأیید اکثریت فقها قرار گرفته بود، قطعاً اختلافِ برداشتها و سلیقه ها و کشمکشها و جناحبندیها و اختلافات میان مجلس و شورای نگهبان و سایر مسئولان نظام کمتر بود. متأسفانه حوزه‌ی علمیه و حتی جامعه‌ی مدرسین در انجامِ این امرِ حیاتی غفلت و کوتاهی کردند و نظام در مرحله‌ی عمل با مشکلاتی مواجه شد. در مواردی از اختلاف‌نظر بین مجلس و شورای نگهبان که به‌صورت یک معضل درمیآمد، امام شخصاً دخالت می‌کرد و آن را حل و فصل مینمود. گاهی از شورای نگهبان حمایت می‌کرد، گاهی از مجلس و گاهی در موارد اختلاف به رعایت رأی دوسوم مجلس توصیه می‌کرد. در بعضی موارد دستور میداد به هنگام بحث، اعضای شورای نگهبان در مجلس حضور داشته باشند تا مذاکرات را بشنوند و اختلافات کمتر شود. بعداً ناچار شد چند نفر را به‌عنوان اعضای تشخیص مصلحت نظام معرفی کند تا در موارد اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان آنچه را به مصلحت نظام میدانند تصویب کنند. گاهی اختلاف‌نظرها به جایی میرسید که در محدوده‌ی اختیارات مجمع تشخیص مصلحت نیز تشکیک میشد و امام ناچار بود دخالت کند. همواره به فقهای شورای نگهبان توصیه می‌کرد: درصورتی‌که مصوبه‌ی مجلس بر طبق مصالح نظام است آن را بپذیرید و کاری نکنید که اسلام متهم شود که توان اداره‌ی جامعه را ندارد و ناقص است.