آيت‌الله امينی دروس كلاسيك را تا ششم ابتدايی در يكي از مدارس غير دولتي و شبانه به پايان رساند و در جلسات قرآن كه در مساجد تشكيل می‌شد، شركت جدی داشت. از همان سالها عاشق طلبگی و تحصيل علوم دينی شد و در فروردين 1321 پس از كسب رضايت مادر همراه دو تن از دوستان خود به حوزة علميه قم آمد و در مدرسه حاج ملا صادق سكونت داشت. روزگار او همزمان با اشغال ايران به دست نيروهای متفقين بود و از اين رو ارزاق عمومی كمياب شده بود و مردم در معيشت دچار مشكلات فراوان شده بودند. او در اين مدت در روزهای پنج‌شنبه و جمعه در درس اخلاق امام(ره) شركت می‌كرد و شبهای جمعه نيز به درس اخلاق آقا حسين قمی می‌رفت. نماز مغرب و عشا را در فيضيه به امامت آيت‌الله سيد محمد تقي خوانساری مي‌خواند تا اينكه ايام تعطيلی حوزه‌های علميه و فصل تابستان فرا رسيده و دورة سه ماهه حضور او در قم به سر آمد.
در تابستان آن سال به زادگاه خود بازگشت، امّا در سال تحصيلی بعد به دليل كمبود و گراني ارزاق عمومی و مشكلات معيشتی نتوانست به قم برود و به سفارش از استادان و دوستان به حوزه علميه اصفهان رفت و در مدرسه نوريه ساكن شد. حوزه علميه اصفهان در آن روزگار رونق فراواني داشت و در امور معنوی نيز بسيار شگفت‌آور بود. آيت‌الله امينی در اين سالها به تكميل دروس دوره سطح مشغول شد و همواره از محضر استادان اخلاق، همچون حاج ميرزا علي شيرازی بهره می‌برد. مدت حضور او در اصفهان نزديك به شش سال بود.
در سال 1326 براي ادامة تحصيل به حوزه علميه قم رفت تا از محضر استادان آن ديار نيز كسب فيض نمايد. در آنجا نيز از محضر آيات عظام و استادان بسياری در فقه و اصول و حكمت بهره برد و در كنار آن به تهذيب نفس و بهره‌مندی از دروس اخلاق اشتغال داشت. در اين مدت از تدريس دروس فرا گرفته نيز غافل نماند.