آیت‌الله امینی دروس کلاسیک را تا ششم ابتدایی در یکی از مدارس غیر دولتی و شبانه به پایان رساند و در جلسات قرآن که در مساجد تشکیل می‌شد، شرکت جدی داشت. از همان سالها عاشق طلبگی و تحصیل علوم دینی شد و در فروردین 1321 پس از کسب رضایت مادر همراه دو تن از دوستان خود به حوزة علمیه قم آمد و در مدرسه حاج ملا صادق سکونت داشت. روزگار او همزمان با اشغال ایران به دست نیروهای متفقین بود و از این رو ارزاق عمومی کمیاب شده بود و مردم در معیشت دچار مشکلات فراوان شده بودند. او در این مدت در روزهای پنج‌شنبه و جمعه در درس اخلاق امام(ره) شرکت می‌کرد و شبهای جمعه نیز به درس اخلاق آقا حسین قمی می‌رفت. نماز مغرب و عشا را در فیضیه به امامت آیت‌الله سید محمد تقی خوانساری می‌خواند تا اینکه ایام تعطیلی حوزه‌های علمیه و فصل تابستان فرا رسیده و دورة سه ماهه حضور او در قم به سر آمد.
در تابستان آن سال به زادگاه خود بازگشت، امّا در سال تحصیلی بعد به دلیل کمبود و گرانی ارزاق عمومی و مشکلات معیشتی نتوانست به قم برود و به سفارش از استادان و دوستان به حوزه علمیه اصفهان رفت و در مدرسه نوریه ساکن شد. حوزه علمیه اصفهان در آن روزگار رونق فراوانی داشت و در امور معنوی نیز بسیار شگفت‌آور بود. آیت‌الله امینی در این سالها به تکمیل دروس دوره سطح مشغول شد و همواره از محضر استادان اخلاق، همچون حاج میرزا علی شیرازی بهره می‌برد. مدت حضور او در اصفهان نزدیک به شش سال بود.
در سال 1326 برای ادامة تحصیل به حوزه علمیه قم رفت تا از محضر استادان آن دیار نیز کسب فیض نماید. در آنجا نیز از محضر آیات عظام و استادان بسیاری در فقه و اصول و حکمت بهره برد و در کنار آن به تهذیب نفس و بهره‌مندی از دروس اخلاق اشتغال داشت. در این مدت از تدریس دروس فرا گرفته نیز غافل نماند.